Als die Amerikaner 1944 Schaffhausen bombardierten, wurden auch wertvolle Porträts von Mitgliedern der Familie Peyer zerstört; der Künstler Tobias Stimmer hatte sie im 16. Jahrhundert geschaffen. 1946 jedoch konnte aus den amerikanischen Reparationszahlungen die Peyersche Tobias Stimmer-Stiftung gegründet werden. In den 60 Jahren ihres Bestehens erwarb die Stiftung Renaissance- und Barock-Kunst und übergab diese dem Museum zu Allerheiligen als Leihgabe. Die Sammlung, die einen Schwerpunkt in der Bodensee-Region setzt, zeichnet sich durch ihren Reichtum verschiedener Techniken aus. Neben Malerei wartet sie mit Stickereien, Goldschmiedekunst und mit Glasarbeiten auf.

Das Schweizerische Institut für Kunstwissenschaft (SIK-ISEA) hat einen Sammlungskatalog erstellt, der alle Werke mit Farbbildern, detaillierter Beschreibung und wissenschaftlichem Apparat präsentiert. Texte zur süddeutschen Spätgotik und deutschen Renaissance-Malerei, über Tobias Stimmer und die Ostschweizer Malerei, zur Schaffhauser Goldschmiedekunst, Glasmalerei und zu den Scheibenrissen sowie Stickereien machen das Buch zum Standardwerk zur Kunst des 16. und 17. Jahrhunderts aus der Bodensee-Region. Das Buch erschien zur Ausstellung im Museum zu Allerheiligen Schaffhausen.